Una forma elemental de definir los microorganismos se deriva de las palabras que la componen, micro y organismos: pequeños organismos. Algunos microorganismos, como las bacterias y levaduras, son unicelulares; otros como ciertos hongos, son pluricelulares. Las bacterias poseen una estructura celular extremadamente simple. Los microorganismos se pueden clasificar así:
Con base en el análisis de la estructura de sus células, podemos distinguir dos clases de microorganismos: procarióticos y eucarióticos.
La organización celular de los procarióticos se caracteriza por la ausencia de sistemas internos de membranas.
Los microorganismos eucarióticos cuentan con células provistas de sistemas internos de membranas y además poseen varios cromosomas.